Pada tahun akademik 1984/1985 Unika Santo Thomas SU mulai beroperasi. Di dalamnya terdapat Fakultas Teknik dengan dua Jurusan, yakni: Jurusan Teknik Sipil Pogram Studi Teknik Sipil S-1 dan Jurusan Teknik Arsitektur Program Studi Teknik Arsitektur S-1. Izin operasional diterbitkan oleh Kopertis Wilayah I (sekarang LLDIKTI Wil. I) dengan Nomor 091/SK/Kop.I/1984 tertanggal 23 April 1984. Status ini terdaftar dari Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dengan No: 0387/O/1986 tertanggal 22 Mei 1986. Di awal mula operasionalnya, lokasi kampus Fakultas Teknik berada di Jalan S. Parman. Saat ini, kampus Fakultas Teknik sudah lebih dari 15 tahun berada di kampus Jalan Setia Budi No. 479-F di Tanjung Sari.
Pada Tanggal 15 Juli 2016, program studi Teknik Sipil kembali mengajukan reakreditasi ke Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan tanda terima Borang S1 Tahun 2016 dengan Nomor Surat adalah No: 389/234/2192/S1/2016. Kunjungan visitasi dilaksanakan selama 3 hari pada tanggal 29 – 31 Agustus 2016 oleh 2 orang visitor (yakni dari Universitas Udayana Bali dan Universitas Syahkuala Aceh). Pada bulan Oktober 2016 diperoleh hasil asesmen untuk Program Studi Teknik Sipil, yakni peringkat C. Pada tanggal 25 Februari 2019, Program Studi Arsitektur menerima kunjungan Asesmen Lapangan dari BAN-PT setelah menunggu sejak pertengahan tahun 2018. Tim asesor lapangan yang mewakili BAN-PT berasal dari Universitas Indonesia dan Universitas Gadjah Mada. Pada tanggal 13 Maret 2019, program studi Aristektur ditetapkan dengan hasil Akreditasi peringkat “B” sesuai dengan SK: No. 414/SK/BAN-PT/Akred/S/III/2019. SK ini berlaku hingga tahun 2023. Program Studi Teknik Sipil direakreditasi pada tanggal 19 dan 20 Oktober 2020 dengan tim asesor lapangan diwakilkan dari Institut Sepuluh Nopember (Surabaya) dan Universitas Katolik Atmajaya Yogyakarta. Proses Asesmen kemudian menetapkan hasil akreditasi peringkat “B” sesuai Surat Keputusan (SK) BAN-PT No. 6918/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2020. SK ini berlaku hingga tanggal 03 Nopember 2023.